第一，床土消毒。方法同猝倒病。
第二，加强温湿度管理。注意通风换气，降低空气和土壤湿度。
第三，发病后的处理。开始发病后，除了需及时清除病苗集中销毁外，应进行药剂防治。常用的药剂有50%速克灵可湿性粉剂2000-2 200倍液，45％特克多悬浮剂3000-4000倍液，50％扑海因可湿性粉剂1500倍液，40％菌核净1 500倍液等。
(5)菌核病　菌核病是近年来洋葱育苗中的一种新的病害，而且危害十分严重。苗期发病开始于茎基部，病部初呈褐色水渍状，湿度大时，长出白色棉絮状菌丝，呈
软腐状，无臭味，干燥后呈灰白色，菌丝体结为菌核，病部溢缩，秧苗枯死。
菌核病病菌主要以菌核在田间或塑料棚土壤中越冬，当环境温湿度适宜时，菌核萌发，病菌随气流传到寄主上，由伤口及自然孔处侵入。该病菌抱子萌发的适宜条件为16-20℃，空气相对湿度95％一100％。在温度低而湿度大时发病严重。
防治方法与灰霉病相似。
(6)枯萎病主要危害洋葱秧苗。种子发芽时发病则在土中腐烂；幼苗发病，子叶萎蔫下垂，茎基部呈黄褐色，收缩折倒；大苗发病，茎基部褐色，先是衰弱发黄，以后中午萎蔫，早上恢复，几天后死亡。病菌可通过种子、土壤、粪肥等传播，在3一34℃都能活动。幼苗发病折倒以16-18℃最适宜。床土偏酸，土面板结透气不良和长期低温潮湿容易发病。防治方法：
第一，进行种子和床土消毒。
第二，及时拔除病株，并在病株四周撒干药土。
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